ABSTRACT
ABSTRACT Objective: To assess viral and atypical bacterial agents using polymerase chain reaction in patients presenting with signs of acute respiratory tract infection (RTI) to Erzincan Mengucek Gazi Education and Research Hospital, Turkey. Methods: Viral and atypical bacterial agents were explored in patients presenting with RTI between February 1 and June 1, 2017. Genomic isolation was performed using a SolMag®12 fully-automated nucleic acid isolation system and SolMag® Virus Nucleic Acid Isolation Kit. Amplifications were performed using a SmartCycler-II thermocycler (Cepheid) device in accordance with the instructions provided by the manufacturer. Results: Of the 120 patients, 44 (36.6%) were found to have at least one agent. Polymerase chain reaction detected influenza viruses in 28 patients, respiratory syncytial virus in seven, cytomegalovirus (CMV) in six, Herpes simplex virus 1 (HSV1) in two, Chlamydophila pneumonia in two, Human Herpesvirus 6 in one, and Herpes simplex virus 2 in one. Also, coexistent HSV1 and CMV positivity was found in two cases. One patient had positivity in both influenza A and CMV. Among atypical bacterial agents, only two patients were found to have Chlamydophila pneumonia. There was at least one comorbid condition in 48 patients (40%). Of these subjects in whom an agent could be identified, 21 were found to have co-morbidity, while 23 were free of comorbid conditions. Antibiotherapy had been started in 109 (90.8%) of the patients after initial assessment. Sixty-four patients were admitted, and two patients died. Conclusion: Polymerase chain reaction allowed rapid detection of agents responsible for acute RTIs. We believe that this technique may contribute to appropriate use of antibiotics in patients diagnosed with atypical bacterial infection and may prevent unnecessary antibiotherapy in infections caused by viral agents.
RESUMEN Objetivo: Evaluar los agentes bacterianos atípicos y los agentes virales utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en pacientes que acuden con signos de infección aguda de las vías respiratorias (IVR) al Hospital de Docencia e Investigación Erzincan Mengucek Gazi, Turquía. Métodos: Se exploraron agentes bacterianos atípicos y agentes virales en pacientes que acudieron con IVR entre el 1 de febrero y 1 de junio de 2017. El aislamiento genómico se realizó con un sistema SolMag®12 de aislamiento de ácido nucleico totalmente automatizado y un Kit SolMag® de aislamiento de ácido nucleico viral. Las amplificaciones se realizaron utilizando un aparato termociclador SmartCycler-II (Cepheid) de acuerdo con las instrucciones proporcionadas por el fabricante. Resultados: De los 120 pacientes, se determinó que 44 (36.6%) tenían al menos un agente. La reacción en cadena de la polimerasa detectó virus de la influenza en 28 pacientes, virus sincitial respiratorio en siete, citomegalovirus (CMV) en seis, herpes virus simplex 1 (HSV1) en dos, Chlamydophila pneumoniae en dos, herpes virus humano 6 en uno, y herpes virus simplex 2 en uno. Por otro lado, se halló positividad coexistente de HSV1 y CMV en dos casos. Un paciente tuvo positividad tanto para la influenza A como para CMV. Entre los agentes bacterianos atípicos, se halló sólo dos pacientes con Chlamydophila pneumonia. Hubo al menos una condición comórbida en 48 pacientes (40%). De estos sujetos en los que se podía identificar un agente, se halló que 21 tenían comorbilidad, mientras que 23 estaban libres de condiciones comórbidas. La antibioterapia había comenzado en 109 (90.8%) de los pacientes después de la evaluación inicial. Sesenta y cuatro pacientes fueron ingresados, y dos pacientes murieron. Conclusión: La reacción en cadena de la polimerasa permitió la rápida de detección de agentes responsables de IVR aguda. Creemos que esta técnica puede contribuir al uso apropiado de antibióticos en pacientes diagnosticados con infección bacteriana atípica normal y puede evitar antibioterapias innecesarias en infecciones causadas por los agentes virales.